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基因组重测序
低深度重测序
低深度重测序
简要概述
全隐性染色体隐性基因染色体隐性基因组低淬硬层重测序（Low coverage WGS，LcWGS）指的是采取较低淬硬层（~1×）的重测序的数据显示显示来进行隐性染色体隐性基因突变分析，后会根据隐性染色体隐性基因染色体隐性基因型充实，将低回声结节单位的数据显示显示充实为高孔隙率单位隐性染色体隐性基因染色体隐性基因型的数据显示显示。LcWGS 必须软件开发技术，测序投资成本高，够收集全隐性染色体隐性基因染色体隐性基因组隐性染色体隐性基因突变，更有助于大的规模范本的相对性状标记及 GS 生物育种适用。
应用场景
01. 性状定位
动植物全基因组关联分析
02. 遗传评估
动植物全基因组选择育种
技术优势
  • 变异信息
    丰富
    可刷快全基因组组的基因进化
  • 高性价比
    以超低的测序生产成本费用较低，获得了高导热系数的标记符号，查重生产率高
  • 大群体
    样本检测
    应应用在大人群的染色体型查重及探讨
  • 分型
    准确性高
    因为粘贴贝叶斯，临床表现准确的率能达到98%
技术流程
优秀案例
低深度重测序--猪胴体分割性状及形态性状的遗传解析与基因组预测
本研究测定了长白、大白、长大二元以及杜长大三元猪4个群体的2,012头猪的17个分割肉性状和14个胴体性状。使用单倍型GWAS分析和基于基因型填充数据的GWAS分析分别鉴定到14个和112个与胴体分割性状极显著相关的QTLs。利用“中芯一号”芯片检测数据和基因型填充数据对这四个不同群体的分割肉性状和胴体性状进行全基因组选择研究。比较不同基因型数据、不同群体、以及不同预测模型对基因组预测准确性的影响。
图1 GWAS特性地位及GS结局较好
参考文献
Xie, L., Qin, J., Rao, L., Cui, D., Tang, X., Chen, L., Xiao, S., Zhang, Z., & Huang, L. (2023). Genetic dissection and genomic prediction for pork cuts and carcass morphology traits in pig. Journal of animal science and biotechnology, 14(1), 116.
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