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基因组重测序
低深度重测序
低深度重测序
简要概述
全DNA组低长度1重测序(Low coverage WGS,LcWGS)指的是巧用较低长度1(~1×)的重测序数值采取隐性DNADNA变种分几型,后经过DNA型填补,将低容重数值填补为高容重DNA型数值。LcWGS 不可软件系统开发管理,测序总低成本投入,就能获取一个全DNA组隐性DNADNA变种,更有好处于大建设规模模板的相对性状手机定位及 GS 繁育操作。
应用场景
01. 性状定位
动植物全基因组关联分析
02. 遗传评估
动植物全基因组选择育种
技术优势
  • 变异信息
    丰富
    可换取全基因组组的遗传基因遗传变异
  • 高性价比
    以非常低的测序总费用低,赚取高溶解度的标示,检查效果高
  • 大群体
    样本检测
    符合于大群体心理的人类基因型判断及深入分析
  • 分型
    准确性高
    依据充填算法为基础,分析为准率高达98%
技术流程
优秀案例
低深度重测序--猪胴体分割性状及形态性状的遗传解析与基因组预测
本研究测定了长白、大白、长大二元以及杜长大三元猪4个群体的2,012头猪的17个分割肉性状和14个胴体性状。使用单倍型GWAS分析和基于基因型填充数据的GWAS分析分别鉴定到14个和112个与胴体分割性状极显著相关的QTLs。利用“中芯一号”芯片检测数据和基因型填充数据对这四个不同群体的分割肉性状和胴体性状进行全基因组选择研究。比较不同基因型数据、不同群体、以及不同预测模型对基因组预测准确性的影响。
图1 GWAS物理性质定位系统及GS成果相对较
参考文献
Xie, L., Qin, J., Rao, L., Cui, D., Tang, X., Chen, L., Xiao, S., Zhang, Z., & Huang, L. (2023). Genetic dissection and genomic prediction for pork cuts and carcass morphology traits in pig. Journal of animal science and biotechnology, 14(1), 116.
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